Die Münchener Secession steht für die Abkehr von der konservativen, im Historismus verankerten Kunstauffassung. Mit ihrem Freiheitsbestreben läutete sie stilistisch und im Kunstbetrieb eine neue Ära ein und sollte damit auch Wegbereiterin der Wiener und Berliner Secession werden.

Am 4. April 1892 kam es zum Bruch innerhalb der alteingesessenen Münchener Künstlergenossenschaft. 96 Mitglieder traten aus, dieser aus um den Verein bildender Künstler Münchens e.V. - bald auch als Secession bezeichnet - zu gründen. Damit war die Münchener Secession die erste Vereinigung dieses Namens. Zu den Gründungsmitgliedern gehörten bedeutende Künstler der Jahrhundertwende wie Fritz von Uhde, Lovis Corinth, Hugo von Habermann, Max Liebermann sowie Franz von Stuck. Letzterer gehörte von 1892 bis 1914 dem Vereinsausschuss an und war für den Großteil der Ausstellungsorganisation verantwortlich.

Die Kunstpolitik unter dem Prinzregenten Luitpold befürwortete traditionelle Historienmalerei, bevorzugt mit nationalem Inhalt. Den modernen internationalen Kunstrichtungen wie dem Impressionismus, Symbolismus und Expressionismus stand der Staat eher kritisch gegenüber. Das Ziel der neuen Künstlerorganisation war es daher, eine Gegenbewegung zum vorherrschenden konservativen Kunstbetrieb einzuleiten. Sie förderte den Zusammenschluss von gleichgesinnten Künstlern, die an einer modernen Kunstauffassung abseits der akademischen Normen interessiert waren. Durch ihre Zusammenarbeit erhofften sich die Münchener Secessionisten, einen Wendepunkt einläuten zu können und damit auch eine wirtschaftliche Besserstellung ihrer Mitglieder im Ausstellungsbetrieb zu erwirken.

Franz von Stucks Pallas Athene (1898, Museum Georg Schäfer, Schweinfurt), die als Schutzgöttin der Künste und Wissenschaften gilt, war für viele Jahre das Symbol der Vereinigung. Bereits auf dem ersten Ausstellungsplakat war diese zu sehen und sollte fortan als Aushängeschild und Wiedererkennungsmerkmal der Münchener Secession dienen. Die Wiener Secession sollte in Folge für ihre erste Ausstellung ebenfalls das Sujet der Pallas Athene nach einem Entwurf von Gustav Klimt wählen.

Nach anfänglichen Schwierigkeiten geeignete Ausstellungsräumlichkeiten zu finden, konnte am 16. Juli 1893 in einem eigens errichteten Gebäude in der Prinzregentenstraße die »I. Internationale Kunst-Ausstellung« eröffnet werden. 297 Künstler zeigten über 876 Werke. Mit über 4.000 Besuchern am ersten Ausstellungssonntag erfreuten sich die Secessionisten einer großen Resonanz.

Die Öffnung gegenüber dem Ausland brachte Künstler aus ganz Europa und deren Werke nach München und festigte so den Status der Stadt als internationale Kunstmetropole. Unter ihnen befanden sich namenhafte Vertreter des Impressionismus und Symbolismus wie Gustave Courbet, Fernand Khnopff, Jan Toroop, Giovanni Segantini, Auguste Rodin und Walter Crane. 

München als Vorbild der Secessionsbewegung
Schon bald folgten europaweit Künstler dem Beispiel der Münchener Secession. Zuerst kam es in Deutschland mit Darmstadt und Dresden zur Abspaltung weiterer Secessionen. Bereits 1894 holten Künstler Carl Moll, der damals mit Klimt, Bernatzik, Engelhart und Krämer zu den fortschrittlichen Kräften des Wiener Künstlerhauses zählte, die Münchener Secession gemeinsam mit der Düsseldorfer Secession zur Gastausstellung nach Wien. Keine drei Jahre später kam es 1897 auf Initiative der eben erwähnten Künstler zur Gründung der Wiener Secession. 1899 wurde die Berliner Secession begründet. Auch außerhalb des deutschsprachigen Raumes in Rom sollte es zur Gründung einer Secession kommen, die jedoch nicht lange Bestand hatte. Ähnliche Vereinigungen bildeten sich außerdem weltweit in Amerika und Japan.

Da alle der Secessionsbewegungen dasselbe Ziel verfolgten, nämlich den Kunstbetrieb zu revolutionieren und modernisieren, kam es 1903 im deutschsprachigen Raum zur Gründung des Deutschen Künstlerbundes, der als Dachorganisation der zahlreichen Secessionen fungieren sollte. 1904 fand dessen erste Ausstellung in den Räumlichkeiten der Münchener Sezession statt. Als Mitglied dieses Bundes nahm Klimt an Schauen in München, Berlin, Leipzig und Mannheim teil. 

1905 entschloss man seitens der Münchener Secession eine zeitgenössische Kunstsammlung – die heutige Secessionsgalerie – einzurichten um eine zeitgenössische, durch Künstler kuratierte Dauerausstellung zu schaffen. Ein ähnliches Bestreben gab es auch in Wien mit der Initiative der Modernen Galerie [heute: Belvedere, Wien].

Mit der Machtübernahme des NS-Regimes und der damit einhergehenden »Säuberung« der Kulturszene von entarteter Kunst wurde 1938 auch die Münchener Secession aufgelöst. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurden die Tätigkeiten der Vereinigung, die bis heute besteht, wieder aufgenommen.