Als Protestbewegung gegen die vorherrschende künstlerische Tradition und Ausstellungspraxis schloss sich die Berliner Secession als moderne, liberale Künstlervereinigung unter Walter Leistikow und Max Liebermann zusammen.  

Die offizielle Gründung der Künstlervereinigung Berliner Secession erfolgte Anfang 1899 nach dem Vorbild der Münchener Secession. Als Protestbewegung positionierte sie sich gegen das konventionelle, historisierende Kunstverständnis. Bereits vor der Gründung hatte es Spannungen in der Berliner Kunstszene gegeben. Als konservative Mitglieder des Vereins Berliner Künstler 1892 die Schließung der Edvard-Munch-Sonderausstellung erzwangen, initiierten Walter Leistikow, Franz Skarbina und Max Liebermann die Bildung einer ersten freien Künstlergruppe, die sich Die Elf nannte. In den Folgejahren sollten sich noch mehrere solcher kleiner Kunstgruppen bilden und so die Berliner Künstlergemeinschaft zunehmend spalten.

Bereits 1898 gab es erste Gespräche über die Gründung einer Berliner Secession, da vermehrt Werke von progressiven, modernen Künstlern durch die Ausstellungsjury abgelehnt worden waren. Ein im Herbst 1898 verfasstes Verzeichnis über potentielle Mitglieder wurde lange als Geburtsstunde der Berliner Secession angesehen, ist jedoch eher als erster konkreter Vorschlag zu werten denn als Gründungsdokument.

Erst im Jänner des nächsten Jahres verlautbarten die Zeitungen die offizielle Gründung der Vereinigung Berliner Secession, deren erster Präsident Max Liebermann wurde. Durch den Gewinn der Kunsthändler Bruno und Paul Cassirer als Mitglieder, Sekretär und Geschäftsführer schuf man sich eine solide wirtschaftliche Basis. Zahlreiche österreichische Künstler, darunter auch Gustav Klimt, Eugen Jettel, Emil Orlik, Carl Moll und Arthur Strasser, wurden zu korrespondierende Mitgliedern ernannt.

Als klar wurde, dass man der jungen Vereinigung die Teilnahme an der »Großen Berliner Kunstschau« verwehren würde, löste sich diese endgültig vom Verein Berliner Künstler. Bereits im Mai konnte die erste Ausstellung der Berliner Secession im neu errichteten Ausstellungsgebäude, damals noch in der Kantstraße, stattfinden.

Bereits in den folgenden Sommer- und Winterausstellungen wurden Werke von internationalen Künstlern wie Pissarro, Renoir, Segantini und Whistler sowie Kandinsky, Manet, Monet und Munch präsentiert. Die Öffnung der Berliner Secession für alle künstlerischen Stile und Richtungen sowie ausländische Kunst machte Berlin neben München zur internationalen Kunstmetropole. Diese Öffnung in Verbindung mit dem Interessenskonflikt um die persönliche Vertretung einiger Secessionsmitglieder durch den Kunsthändler Paul Cassirer führte aber 1902 zum Austritt einer Reihe von konservativeren Mitgliedern. Im Mai folgte die erste Ausstellung der »gereinigten« Vereinigung außerhalb Berlins.

Krisenzeit und Abspaltungen
Ein langwieriges Problem der Secession waren jedoch die Doppelmitgliedschaften ihrer Mitglieder. Viele Künstler der Vereinigung gehörten nämlich zeitgleich immer noch dem Verein Berliner Künstler an. Immer wieder wurde die Satzung angepasst im Versuch, diese Zweigleisigkeit zu unterbinden, jedoch vergebens. Das Gefühl einer Ungerechtigkeit, nicht zuletzt auch durch den bereits erwähnten Konflikt um Paul Cassirer, führte 1910 zu einer erneuten Abspaltung. Unter Max Pechstein kam es zu Gründung der Neuen Secession. Die Konflikte innerhalb der Berliner Secession blieben jedoch bestehen. Nach zahlreichen Umschichtungen auf Vorstandsebene, unter anderem dem Rücktritt Liebermanns als Präsident, an dessen Stelle Lovis Corinth trat, kam es 1914 zur endgültigen Spaltung der Vereinigung. Liebermann, Slevogt und Cassirer traten aus der Berliner Secession aus, um die Freie Secession zu gründen. Nach dem Zusammenbruch der neuen Vereinigung 1925 traten jedoch viele Künstler wieder in die Berliner Secession ein.

Nachdem sich die Berliner Secession 1933 aufgrund ihrer prekären finanziellen Lage beinahe aufgelöst hatte, folgte bedingt durch die politische Lage unter dem NS-Regime der Ausschluss von allen jüdischen Mitgliedern. Ohne einen passenden Ausstellungs- oder Versammlungsort fand die Berliner Secession 1937 ein Ende.

Klimt und die Berliner Secession
Klimts Verbindungen zur Berliner Secession äußerten sich einerseits durch seine Verbundenheit zu deutschen Künstlerkollegen wie Max Liebermann und Hermann Muthesius sowie den Kunsthändlern Cassirer. Andererseits nahm er als korrespondierendes Mitglied von 1905 bis 1916 an insgesamt fünf Ausstellungen der Berliner Secession teil.

1905 zeigte die Berliner Secession anlässlich der Eröffnung ihres neuen Ausstellungsgebäudes am Kurfürstendamm die »II. Ausstellung des Deutschen Künstlerbundes«. Gustav Klimt, der ein Mitglied des Bundes war, konnte in einem eigenen Saal insgesamt 13 seiner Werke dem Berliner Publikum präsentieren. Für die Vorbereitungen dieser Schau reiste Klimt sogar persönlich nach Berlin.

1907 zeigte er im Rahmen der »XIV. Ausstellung der Berliner Secession« Zeichnungen im Kunstsalon Paul Cassirer, 1909 war auf der XVIII. Ausstellung das Porträt Fritza Riedler (1906, Belvedere, Wien) zu sehen.

1916 – mitten im Ersten Weltkrieg – lud die Berliner Secession die Künstler der Kunstschau ein, ihre Werke am Kurfürstendamm auszustellen. Unter dem Titel »Wiener Kunstschau in der Berliner Secession« waren 70 Werke österreichischer Künstler und Künstlerinnen zu sehen, darunter Egon Schiele, Koloman Moser, Anton Faistauer und Carl Moll. Unter den fünf Gemälden, die Klimt an die Ausstellung schickte, befand sich auch seine stark umgearbeitete Allegorie Tod und Leben (Tod und Liebe) (1910/11, überarbeitet: 1912/13 und 1916/17, Leopold Museum, Wien).